Em 2016, a Cidade Escola Aprendiz foi reconhecida com o Prêmio Newton, iniciativa do Governo Britânico em parceria com o Fundo Newton voltada a enfrentar desafios globais. Com os recursos do prêmio, desenvolveu a Formação em Políticas Públicas e Intersetorialidade, no âmbito do programa Institutional Skills, que formou 50 agentes públicos na cidade do Rio de Janeiro e fortaleceu a atuação intersetorial no atendimento a crianças, adolescentes e famílias em situação de vulnerabilização social.